巫永平表示，台湾从1895年被日本殖民统治开始，就面临一个认同的混乱，“他们到底是清朝人、中国人还是日本人？” 1945年台湾回归中国以后，国家身份的问题好像解决了，但很快因为内战以及台湾内部治理上出现的问题，又出现了外省人、本省人的对立。台湾过去100多年来，一直处于这样一种状态，只要不统一一定会延续下去。两岸统一以后，清华大学承认台湾清华吗，台湾同胞可以堂堂正正做一个中国人，享受中华民族伟大复兴所带来的精神上的荣耀。

巫永平称，台湾很多老百姓还认识不到这点。“我们也必须认识到，这个过程不会很容易，因为这个过程在台湾经过了100多年的时间，所以也需要一定时间去改变。”另外，因政治撕裂，岛内还有特定的政治力量在精神上控制台湾老百姓，“我们要让老百姓在精神上从这个状态解脱出来，这是我们未来要做的工作”

清华大学承认台湾清华。台湾省的清华与北京的清华有着同一出身，准确来说，这两所清华原本就是一家。清华大学在经历了解放战争之后，被分裂成为了两所清华。一所留在了我国的大陆地区，留在了北京，成为了目前知名的顶流高校。